Theo báo cáo của Tổng công ty Than, từ 1999-2004 đơn vị này đã mua sắm trang thiết bị hơn 7,5 tỉ đồng. Nhưng qua thanh tra 11 đơn vị thành viên của tổng công ty, kiểm tra dự án xây dựng Nhà máy nhiệt điện Na Dương (trị giá 4.151.262 triệu đồng), đã phát hiện những vi phạm đáng chú ý về đầu tư và xây dựng.
Chỉ riêng Công ty thương mại thuộc Tổng công ty Than đã vi phạm qui chế đấu thầu; phê duyệt kế hoạch đấu thầu của 37 gói thầu tổng trị giá hơn 532 tỉ đồng khi không có ủy quyền của hội đồng quản trị, chỉ định thầu những gói thầu thuộc diện phải đấu thầu, vượt thẩm quyền. Tổng số tiền chênh lệch do sai phạm được phát hiện qua thanh tra là 292.565 USD. Việc xét thầu sai qui định của qui chế đấu thầu cũng gây thiệt hại 260.556 USD