Cụ thể, trong quá trình triển khai xây dựng, dự án này thiếu hệ thống thu khí biogas theo TCVN 261:2001; thiếu biển báo; khoảng cách khu dân cư và vành đai cây xanh không bảo đảm theo TCVN 261: 2001; không có thiết kế rửa xe; bờ đê ngăn cách giữa các hộc rác đô thị được thiết kế quá thấp nên không ngăn được nước mưa tràn vào hộc rác khi vận hành.
Cũng theo đoàn thanh tra, tuy hộc rác chất thải nguy hại đã được đầu tư xây dựng nhưng thực tế không được sử dụng; nước thải qua trạm xử lý nước thải bãi rác còn ô nhiễm cao, đặc biệt vi sinh vật gây bệnh, kim loại nặng và các hóa chất độc hại...
Dự án bãi rác Khánh Sơn mới thuộc dự án thoát nước và vệ sinh môi trường Đà Nẵng được xây dựng tại thôn Khánh Sơn, phường Hòa Khánh Nam, quận Liên Chiểu, với vốn đầu tư khoảng 2,8 triệu USD.